Danes je Hagija Sofija tretja stavba na istem mestu, zgrajena z drugačnim arhitekturnim razumevanjem kot prejšnje. Zgradil ga je cesar Justinijan Anthemiju iz Trallesa (Aydın) in Izidoru iz Mileta (Balat).
Ponovno zgrajena kot mošeja
Njena gradnja se je začela leta 532 in je bila končana v petih letih, za bogoslužje pa je bila odprta na veliki slovesnosti leta 537. Z osvojitvijo Istanbula s strani Fatih sultan Mehmeda je bila obnovljena kot mošeja.
Svoj obstoj je nadaljeval z dodajanjem otomanskih arhitekturnih elementov in leta 1935 postal muzej.
Obstaja 104 stebrov, od katerih so nekateri pripeljani iz starodavnih mest, v Hagiji Sofiji, znani po Cesarskih vratih, Lepih vratih in Marmornih vratih. Odsek »Omfalion«, kjer so kronani cesarji, izstopa z marmorno obdelavo kot ti stebri.
Poleg osupljive arhitekture; Znana je tudi po mozaikih iz pozlačenega, posrebrenega, stekla, terakote in barvnega kamna. Originalni stropni mozaiki iz 6. stoletja navdušujejo s cvetličnimi in geometrijskimi motivi. Mozaike po prepovedi ikon v 8. stoletju je treba videti tudi v mozaiku Device Marije, preroka Gabrijela, preroka Mihaela in krstnika Yahya ter v mozaiku Deisis Stage. Mozaik Tughra sultana Abdulmecida je bil zgrajen med popravili bratov Fossati med letoma 1847 in 1849.
Osem velikih krožnih kaligrafskih plošč, ki so jih dodali v otomanski dobi, je delo slavnega kaligrafskega kadileskerja Mustafe Izzeta Efendija v času vladavine sultana Abdülmecida.
Kocke, ki so narejene iz dveh monolitnih marmorjev na stranskih ladjah in lahko v povprečju sprejmejo 1250 litrov tekočine, Sultan III. Prinesel je bil iz starodavnega mesta Bergama v obdobju Murad. Poleg knjižnice Sultan Mahmud si je vredno ogledati tudi prižnico, mihrab, sultanovo pisarno in stole za pridige.
Ima 4 minarete
Štirje minareti, za katere je bilo znano, da jih je zgradil Mimar Sinan, dva Hagija Sofija, šolski vodnjak Sıbyan, začasni urad, javne zgradbe, oporniki, stavba zakladnice in imaret, prav tako povečujejo veličastnost Stavba.
